Cityvaraston yhtiöjärjestyksen mukaan varsinainen yhtiökokous valitsee yhtiön tilintarkastajan. Cityvaraston tilintarkastajan tulee olla Patentti- ja rekisterihallituksen hyväksymä tilintarkastusyhteisö. Tilintarkastaja valitaan vuosittain varsinaisessa yhtiökokouksessa toimikaudeksi, joka päättyy seuraavan varsinaisen yhtiökokouksen päättyessä. Yhtiökokous päättää tilintarkastajan palkkioista.
Cityvaraston 3.6.2025 pidetty varsinainen yhtiökokous valitsi yhtiön tilintarkastajaksi tilintarkastusyhteisö Moore Idman Oy:n toimikaudeksi, joka päättyy vuoden 2026 varsinaisen yhtiökokouksen päättyessä. Moore Idman Oy on nimittänyt päävastuulliseksi tilintarkastajaksi KHT Jari Paloniemen. Jari Paloniemi on merkitty tilintarkastuslain (1141/2015, muutoksineen) 6 luvun 9 §:ssä tarkoitettuun tilintarkastajarekisteriin.